طی سال‌ها، دانشمندانی که در زمینه مایکوتوکسین‌ها فعالیت داشته‌اند بر روی پیشرفت سریع‌تر و مطمئن‌تر و روش‌های آنالیز اقتصادی‌تر کار کرده‌اند که شناسایی گستره وسیعی از مایکوتوکسین‌ها را ممکن می‌سازد. برای مثال یکی از نتایج این تحقیقات، روش آنالیز چند مایکوتوکسین می‌باشد که آزمایش یک کالا یا نمونه‌ی خوراک را طی 45 دقیقه ممکن می‌سازد. با روش کروموتوگرافی مایع ‌ طیف سنجی جرمی (LC-MS/MS) به جای تنها تعداد انگشت شماری از مایکوتوکسین‌ها بیش از 320 مایکوتوکسین مختلف شامل مایکوتوکسین‌های ماسک شده یا کونژویه شده با روش‌های آنالیزی معمول قابل شناسایی می‌باشد.
اگر چه این دستاوردها نشان دهنده گامی بزرگ در زمینه تحقیق بر روی مایکوتوکسین‌ها می‌باشد، اما هنوز کاربرد عملی آن‌ها در این زمینه و به صورت روزانه برای دانشمندانی که بر روی شناخت تاثیر موارد ناشناخته قبلی و متابولیت‌های قارچی نامرئی در حیوانات کار می‌کنند، غیر ممکن است. تا زمانی که دستیابی به اطلاعات بیشتر در زمینه مایکوتوکسین‌ها هنوز غیر ممکن می‌باشد، وظیفه ماست که بر روی این مایکوتوکسین‌های در دسترس که بخوبی شناخته شده‌اند مانند آفلاتوکسین‌ها، زیرالنون، داکسی نیوالنون، فومونیسین‌ها و اکراتوکسین A تمرکز نماییم.