مایکوتوکسین‌ها طیف وسیعی از تاثیرات مخرب را در طیور برجای می‌گذارند. تاثیرات اقتصادی شامل کاهش در تولید، افزایش وقوع بیماری‌ها ناشی از افت سیستم ایمنی، آسیب به اندام‌های حیاتی و کاهش تولید تخم‌مرغ غالبا بیش از تاثیراتی است که توسط علایم بالینی یا مرگ و میر ناشی از مسمومیت به مایکوتوکسین‌ها به وجود می‌آید. کاهش عملکرد سیستم ایمنی در جوجه‌ها می‌تواند توسط چندین عامل سبب شود. مصرف مایکوتوکسین‌ها، در سطوحی که علایم بالینی مسمومیت به مایکوتوکسین‌ها را سبب نمی‌شود، عملکرد سیستم ایمنی را کاهش می‌دهد و ممکن است میزان مقاومت به بیماری‌های عفونی را کاهش دهد. واکنش سیستم ایمنی به مایکوتوکسین‌ها از اختلال در تکثیر مداوم و تمایز سلول‌هایی که در فعالیت ایمنی‌زایی نقش دارند و هم‌چنین بی‌نظمی در شبکه ارتباطی بین سلولی و ترکیبات هورمونی نشات می‌گیرد. از نقطه نظر تغذیه‌ایی، این نیاز وجود دارد که به مسایل سیستم ایمنی توجه لازم صورت پذیرد. احتمالا هیچ یک از تاثیرات بیولوژیک مایکوتوکسین‌ها به اندازه تاثیرات بیماری‌زایی و اقتصادی آن که از کاهش عملکرد سیستم ایمنی و مکانیسم‌های مقاومت طبیعی حیوانات تحت تاثیر قرار می‌گیرد، مهم‌تر نیست. برای درک این موضوع پیچیده، ضروری است که ما در ابتدا بفهمیم که چگونه مکانیسم‌های ایمنی در طیور فعال می‌گردد.
سیستم ایمنی، مکانیسم دفاعی بدن است که شامل اندام‌های تیموس، بورس، کبد و طحال است. در طیور بورس فابرسیوس (مستقر در انتهای تحتانی بدن جوجه) و تیموس (در گردن) محل‌های کلیدی برای واکنش‌های ایمنی هستند و بنابراین در اصطلاح به آن‌ها اندام‌های ایمنی اصلی گفته می‌شود.
