مایکوتوکسین‌ها متابولیت‌های ثانویه قارچ‌های رشته‌ای هستند که باعث بروز واکنش‌های مسمومیتی (مایکوتوکسیکوزیس) می‌شوند. قارچ‌های فوزاریوم، آسپرژیلوس، پنیسیلیوم، کلاویسپس و آلترناریا فروان‌ترین قارچ‌هایی هستند که این سموم را تولید می‌کنند و غذای انسان و خوراک حیوانات را در طول دوره رشد گیاه در مزرعه و یا دوره انبارداری آلوده می‌نمایند. يک قارچ می‌تواند مايکوتوکسين‌های متفاوتی توليد کند و این به معنی آن است که يک مايکوتوکسين می‌تواند توسط قارچ‌های متفاوت توليد شود. قارچ‌های رشته‌ای در واکنش به شرایط تنش همچون گرما، سرما، انجماد، تغییرات pH، رطوبت، فقدان و یا محدودیت اکسيژن، مایکوتوکسین‌ها را ترشح می‌نمایند.
تا کنون بیش از 400 نوع مایکوتوکسین جداسازی شده‌اند، اما تعداد سمومی که از لحاظ عملی در تغذیه نشخوارکنندگان مورد توجه هستند محدود می‌باشند و آنها را به شش دسته اصلی آفلاتوکسین‌ها، تریکوتسن‌ها، زیرالنون، اکراتوکسین‌ها، فیومنیسین‌ها و آلکالوئیدهای ارگوت تقسیم‌بندی می‌نمایند.
با توجه به تاثیر شرایط جغرافیایی و اقلیمی در تولید و بروز مایکوتوکسین‌ها، با دانش ما تحقیقی در زمینه تعیین پروفایل مایکوتوکسین‌ها در خوراک گاوهای شیری در ایران با روش‌های صحیح تشخیص مایکوتوکسین‌ها صورت نگرفته است و نتایج منتشر شده اغلب با استفاده از روش‌های غیرتخصصی و با استفاده از هر یک از تکنیک‌های غیراختصاصی الایزا (ELISA) و کروماتوگرافی لایه نازک (Thin Layer Chromatography) صورت گرفته است که نمی‌تواند نتایج قابل استنادی را به همراه داشته باشد.
این تحقیق به منظور بررسی اولیه پروفایل مایکوتوکسین‌ها برروی خوراک‌های کاملا مخلوط گاوهای شیری در مناطق پر‌رونق این صنعت صورت گرفته است.
