در گذشته اغلب با این سوال مواجه می‌شدیم که بهترین روش برای اندازه‌گیری مقدار مایکوتوکسین در خوراک و غلات چیست؟
برای پاسخ به این سوال می‌توان گفت روشی که به طور گسترده استفاده می‌شود HPLC می‌باشد. این روش، روشی کاملا دقیق برای اندازه‌گیری مقادیر بسیار کم مایکوتوکسین-های مختلف محسوب می‌گردد. بنابراین HPLC روش کمی بسیار مناسبی می‌باشد.
با این حال، با بهبود مستمر روش‌های تشخیص و اندازه‌گیری مایکوتوکسین‌ها از گذشته، نتیجه بدست آمده تنها به روش اندازه‌گیری بستگی ندارد. در واقع، تقریبا 90 درصد خطای ایجاد شده در برآورد مایکوتوکسین‌ها را می‌توان به نمونه‌برداری نسبت داد!
"نمونه‌ای تهیه کنید و به آزمایشگاه بفرستید". اگر منظور تهیه یک نمونه از شیر آب باشد، بسیار ساده خواهد بود. اما تهیه نمونه برای اندازه‌گیری مطمئن مایکوتوکسین‌ها، آسان نخواهد بود. از آن جایی که مایکوتوکسین‌ها به طور یکنواخت در دانه و خوراک توزیع نمی‌شوند، نمونه‌برداری صحیح چالشی اساسی محسوب می‌گردد.
اگر خوراک آلوده به مایکوتوکسین باشد، برای مثال، ممکن است ذرات آلوده به مایکوتوکسین در قسمت‌هایی به نام "نقاط داغ" قرار گرفته باشند. اگر نمونه از یک محل برداشته شده باشد، ممکن است اصلا از ذرات آلوده نمونه‌ای برداشته نشود که در این صورت اصطلاحا نتیجه بدست آمده "منفی کاذب" خواهد بود و یا ممکن است از قسمت بسیار آلوده‌ای برداشته شود که پاسخ "کاذب مثبت" خواهد بود.